Todas las espaciosas Suites del M/N Aqua miden 21 m2, y cuentan con una confortable área de estar y ventanas panorámicas que le permitirán obtener una ‘gran foto’ de los ríos y el bosque circundante desde el confort de su Suite con aire acondicionado. Todas las Suites han sido decoradas para crear la sensación de un hotel de lujo en el río Amazonas. Complementa el diseño un set de fotografías de la Amazonía producidas por el francés Jean Claude Constant. Las sábanas y cobertores están fabricados con 100% algodón peruano, con un mínimo de 280 hilos.
Las cuatro Suites Master del M/N Aqua, ubicadas en la proa del barco, tienen un área de 22 m2 y poseen todo el lujo de las Suites principales, incluyendo tapetes de fibra natural sobre la cama. Grandes ventanales de vidrio al pie de la cama king-size le permiten tirar de las cortinas para observar las constelaciones en un cielo poblado de brillantes estrellas. Las Master Suites poseen un área de estar completamente independiente para una mayor privacidad.